Kewujudan sekolah ini adalah atas kesedaran semua ibu bapa betapa pentingnya ilmu pengetahuan kepada anak-anak mereka. Pada awalnya kanak-kanak dari kampung ini sanggup bersekolah di SK Saliku dengan menumpang kereta-kereta syarikat pembalakan yang tidak tentu masa dan sebilangan lagi bersekolah di SK Logongon.
Namun masalah perjalanan jauh ini menyebabkan ramai daripada kanak-kanak kampung ini berhenti sekolah begitu sahaja. Jarak dari Kg Sasandukon ke Sk Saliku ialah 25 kilometer dan perjalanan ke SK Logongon pula ialah 20 kilometer.
Maka dengan masalah sedemikian, timbul satu pemuafakatan masyarakat kampung ini diketuai oleh En. Empir Andingos merayu kepada Pejabat Daerah untuk memujudkan sekolah cawangan secara bertulis pada awal tahun 1997.
Pegawai Pelajaran Daerah pada masa itu iaitu Encik Jamileh Alip memberi sokongon dan telah mengemukakan cadangan ke pihak atasan. Pada bulan Ogos 1998 pihak Pejabat Pelajaran Daerah telah mengarahkan masyarakat kampung ini untuk membina bangunan sekolah.
Pembinaan dijalankan setelah mendapat kebenaran dari Jabatan Pelajaran yang meluluskan Sekolah Sasandukon sebagai cawangan SK Saliku. Bangunan Sekolah Sasandukon didirikan oleh masyarakat kampung secara bergotong royong dengan menggunakan sumber bahan tempatan yang sedia ada di sekitar kampung ini.
Dalam usaha ini, bangunan sekolah telah didirikan berhampiran dengan rumah panjang. Murid-murid ketika itu terdiri dari penduduk Kampung Sasandukon, Kampung Sumasulon, Kampung Sansan dan anak-anak pekerja syarikat pembalakan menjadikan jumlah murid seramai 155 orang.
Pada 21 Oktober 1998, Encik Majin Ampungit bekas pentadbir SK Tinanduk telah ditukarkan ke SK Saliku untuk memulakan pembelajaran dan mengendalikan pendaftaran murid di sekolah cawangan ini. Dengan pelaksanaan pembelajaran di sekolah cawangan ini, murid-murid begitu riang datang ke sekolah.
13 November 1998 merupakan detik penting dan bersejarah bagi masyarakat kampung ini, dimana pembukaan rasmi pembelajaran Sekolah Sasandukon sebagai sekolah cawangan SK Saliku telah dilakukan oleh Penolong Pegawai Bahagian Keningau. Pada waktu itu, Encik Abdul Kadir Bakri mewakili Encik Mohamad Salleh Wahab PPD Keningau yang kurang sihat.
Dari saat itu, sekolah ini beroperasi sebagai sekolah cawangan sehingga akhir 1999 dengan di Bantu operasinya oleh dua orang guru. Pada 1 Januari 2000, SK Sasandukon diiktiraf sebagai sekolah persendirian dengan nombor pendaftaran XBA1126.
Setelah itu sekolah ini dipindahkan ke kawasan yang agak terasing dari orang kampung dan yang berhampiran dengan jalan raya. Bangunan baru didirikan di atas tanah milik En, Ganit Ansagub sebagai sumbangan kepada Kementerian Pelajaran Malaysia.
Ketika itu, Sekolah Sasandukon mempunyai dua bangunan bilik darjah yang daif dengan sumbangan dari projek kilat PPD dengan peruntukan RM 19,000. Kini terdapat 1 tambahan bangunan bilik darjah hasil sumbangan Persatuan Ibubapa dan Guru (PIBG) SK Sasandukon yang selamat dibina pada awal tahun 2009.
Sehingga ke hari ini, sekolah ini belum ada bangunan bilik darjah bersaiz standard dan rumah kediaman guru. Guru-guru tinggal berkongsi di dua buah rumah usang yang ditinggalkan oleh orang kampung yang tidak selamat didiami. Guru baru yang bertugas di sekolah ini terpaksa menyewa rumah di kawasan kampung dan tinggal dalam serba kekurangan.